酷派D539使用的是Android 2.1系統，相對于原生的安卓系統，酷派D539的操作界面改動很大，看起來比較像蘋果的iPhone手機界面。屏幕下面是五枚固定的常用功能菜單，包括信息、撥號盤、通信錄、通話記錄、和主菜單。主屏采用三分屏，用戶可以在三個分屏添加自己常用的程序快捷鍵或者窗口小部件。酷派D539相比原生Android 2.1系統多了主菜單壁紙選項。

主屏幕顯示

　　酷派D539的主菜單通過左右滑動切換到不同的頁面，總共有6個頁面，每個頁面最多可以顯示12項功能，使用起來感覺左右滑動的頁面數太多，想找某個功能不是很方便。但是頁面滑動的流暢性做得很好，沒有一點卡頓的感覺，圖標也很漂亮。

酷派D539菜單界面

　　和其他手機廠商的手機一樣，酷派D539也內置了一些酷派特有的軟件，包括酷派記事本、酷派天氣、coolbook等，這些軟件的界面都很漂亮，使用起來也很方便、很實用。

　　作為天翼定制機，當然也少不了天翼服務功能，比如天翼閱讀、天翼空間。但是這些功能都需要使用電信UIM卡聯網才能使用。

天翼定制內容

　　酷派D539將音樂、視頻、圖片的播放和瀏覽都集中在了媒體庫這一功能菜單。音樂播放界面很華麗，可以選擇按專輯、演唱者等方式顯示歌曲，但是不支持音效設置。酷派D539的視頻播放能力很不錯，得益于PowerVR SGV 530圖形處理芯片的使用，可以流暢播放720P視頻。

酷派D539多媒體界面