明泰E90采用的是明泰自主研發的My OS操作系統，該系統擁有占CPU內存小、運行處理速度快、智能省電等優勢，可自由下載及安裝各種最新應用程序，且操作簡單明了，具有多任務處理的能力、多屏切換、文件夾合并、云存儲等多種功能。
在文章開篇的時候，小編曾介紹過明泰E90具有iPhone系統一樣漂亮的UI界面，而且外觀方面也能找到很多iPhone的影子。因此，明泰E90的解鎖界面和iPhone也是如出一轍。當然，明泰E90還內置了其他5種解鎖風格，用戶可以根據自己需求在“屏鎖風格”中進行設置。
和iPhone一樣的是，明泰E90沒有菜單，所有程序都被置于桌面界面上。主界面可以左右滑動，左邊第一屏是百度搜索工具欄，從第二屏開始就都是應用程序的圖標了。每一分屏界面下方都始終顯示音樂、電話、通訊錄和信息四個程序。
在顯示應用程序的界面上長按某一圖標，后期安裝的部分程序圖標就會發生變化。此時可以任意移動或者改變應用程序的位置。如果是后期安裝上去的程序，圖標上還會附帶一個小叉子，點擊這些帶有小叉子的圖標就可以刪除相應的應用程序，同樣汲取了iPhone系統的精華。
這里必須要說的是，明泰E90還同樣汲取了Android系統的精華，在屏幕頂部下拉，可以出現如同Android手機一樣的通知菜單。在此可以管理藍牙、手機模式和環境光感，也可以查看所有未讀的通知消息。
