在軟件方面，HTC E1搭載了時下較新的Android 4.1.1操作系統，并采用HTC Sense 4+用戶界面，相比原生Android 4.1界面不大相同，不過界面風格依然沿襲了HTC Sense的傳統風格，而且簡潔清新。
解鎖界面和手機主界面
HTC E1同樣采用滑動解鎖的方式，在鎖屏界面向上拖動“圓環”，手指放開即可實現解鎖。值得一提的是，若是將解鎖界面底端的電話、郵件、信息以及相機四個圖標中的任意一個拖動至解鎖圓環中，在實現解鎖的同時，還能夠直接跳轉至相應的界面，免除了解鎖之后的二次操作。
支持下拉通知欄快捷方式
同時，這款手機可支持下拉通知欄快捷方式，其中包含了WLAN、藍牙、數據連接、靜音以及旋轉等多個常用設置的開關，為用戶的日常使用提供了便利，而在下拉通知欄中該機還加入了“設置”快捷方式，便于用戶隨時調用。
桌面面板設置界面
另外，在手機桌面空白處“長按”則可調出手機面板設置界面，在該界面下用戶可以將常用的小插件、應用程序或是某個快捷方式添加到桌面面板上，以便于日常使用。
全部和經常應用程序列表界面
在應用程序列表界面，手機中的所有應用均依次按照從左到右、從上到下的順序排列，左右滑動即可查看所有應用。需要說明的是，用戶使用頻率較高的應用程序會自動添加到“經常”面板下，再次為用戶的日常使用提供了便利。
