三星GALAXY Mega 6.3搭載了最新的Android 4.2.2系統，與旗艦S4完全一致。最新版本的TouchWiz增加了大量的定制功能和操作形式，并且保留了上一版的TouchWiz特點，熟悉TouchWiz的用戶完全不用從新適應。
鎖屏界面加入了大量信息顯示功能，類似于一個鎖屏界面中的消息中心，可以定制各種應用的推送，還可以定制一些常用的程序從而快速進入。除了這個豐富的鎖屏界面，你也可以選擇最基本的方式，讓五個快捷程序顯示在底部，可能看起來更加清爽。另外，你也可以改變鎖屏界面上的歡迎語，自定義內容，設置不同的字體和顏色。
鎖屏界面
主屏幕可以放置諸多快捷圖標，并且擁有一些自家應用的特色小插件，主屏界面也支持無限循環滾動。另外，對主屏幕進行兩指縮放操作，可以進行屏幕分頁管理，最多支持7個分頁，并且可以將任何一個頁面設置為主屏。
主界面
在通知欄區域，首屏會顯示5個快捷設置圖標，可以實現一些常用設置的功能。當然，你也可以向右滑動來得到更多快捷操作，并且支持自定義快捷設置及順序。快捷操作欄下方是亮度調節，并且支持禁用該功能以節省通知欄的空間。
通知欄界面
主菜單界面，似乎并沒有太多變化，主要分為應用以及小插件兩個部分，并且擁有一個專門的下載欄目。應用界面仍采用多頁面滑動設計，可以按照字母順序、用戶自定等形式排列。另外菜單鍵內可編輯、卸載、創建文件夾、隱藏應用程序等多種操作。當你從小插件界面中向主屏拖拽應用程序，會顯示應用的輪廓，這樣你就可以判斷該頁面還能容納多少應用內容了。主菜單界面
三星Mega 6.3同樣支持多窗口任務，可以讓你在屏幕上同時顯示兩個應用內容，并且可以對分界線的調整，調整窗口的大小。不過，支持多窗口功能都是內置應用，但總得來說還是提高了工作效率，尤其是屏幕面積更大更容易進行操作。
多窗口任務界面
設置界面被分成四個部分，包括連接、我的設備、賬戶以及更多四個分類，分類更加清晰易用，讓用戶可以快速上手。
設置界面
懸浮預覽功能，手指與屏幕保持約1cm的距離，就能出現信息、相冊、日歷、郵件等預覽內容。另外還支持預覽文件夾、快速撥號和放大網頁中的鏈接等功能。
Smart Stay功能，前置攝像頭可以識別用戶的面部，防止在閱讀內容中屏幕自動鎖定。
另外，手機還擁有若干的手勢功能，這些并非首次出現，比如在聯系人詳細界面將手機放置耳邊即可撥號。智能提醒功能，手機拿起便會振動提醒錯過的信息電話等。
Mega 6.3延續了S4上部分新加入的功能，比如浮窗預覽、手勢動作等等。因為手機本身太大，為了照顧到用戶的單手操作，系統內內置了Note 2上的單手操作優化功能。不過經過親身體驗，拇指的操作幅度十分有限，換句話說，使用Mega 6.3單手操作十分困難。總得來說，TouchWiz帶來的豐富功能和易用性是十分突出的。
