系統方面，金立S6配備了基于安卓5.1系統深度定制的amigoOS 3.1，更符合國人使用習慣，并且擁有“故事鎖屏”、“隨變”、“系統管家”、“兒童天地”、“私密空間”等諸多特色功能。
也許很多手機的鎖屏界面都大同小異，但是金立S6的故事鎖屏卻令人眼前一亮。用戶在鎖屏界面可以左右滑動來切換壁紙，并且一個壁紙一個故事，非常有創意，個性十足。上滑解鎖也會有一個漸變的效果，小編還是比較喜歡這樣的解鎖效果的。
桌面取消了二級菜單，左右滑動非常流暢，用戶從頂部下拉出現的是通知中心，而不是控制中心，amigoOS 3.1將通知中心和控制中心兩者分離，也使界面更加整潔。點擊通知中心右上角，用戶可以對應用通知進行管理，例如將有些應用的通知設為重要通知或屏蔽相關應用的通知等，用戶均可自行設置，非常人性化。
從底部向上滑可調出控制中心，其實小編還是比較偏向將控制中心設置在底部的，因為這樣在單手操作時會很方便，這在屏幕越來越大的當下還是相當實用的。點擊控制中心右下角的九宮格圖案，可以對快捷按鍵進行設置，長按可調出或調入快捷按鍵。
后臺采用了卡片式設計，長按home鍵可調出全局搜索界面，可以搜索應用、新聞等用戶感興趣的內容，還是很方便的。
amigoOS 3.1系統有很多有特色的功能，例如“ami記事本”，用戶不僅可以在上面記錄心情、事件等，還可以添加圖片、錄制聲音、美文等，并且還能一鍵保存和發送，讓你隨手記錄生活和工作。
“系統管家”的實用性也非常強，有“垃圾清理”“病毒查殺”“應用管理”等多達六種功能，可以控制所有APP的開機自啟動，更能凍結所有不喜歡的軟件，甚至系統軟件也能凍結。真正解決流量后臺偷跑，開機自啟動耗電等問題。
小編感覺還有一個很棒的應用便是“兒童樂園”，當自己的手機被孩子玩擔心資料誤刪時，可以打開兒童樂園，在兒童樂園里，你可以自主添加允許兒童使用的應用，并且可以設置時間和密碼，當設置的時間到后，就會自動關閉，和正常空間完全隔離，不用擔心資料等被誤刪。一款手機，兩個世界。
此外，amigoOS 3.1還擁有“私密空間”，在“設置-安全-手機安全密碼”中，用戶可以對通話記錄、聯系人、短信、圖片、文件等進行加密，避免數據泄露。添加時只需在當時界面選擇“加密”按鈕即可。
amigoOS 3.1可以說充分根據國人的使用習慣而進行的深度定制，界面簡潔清新、功能豐富有特色，并且還細心的加入了“兒童樂園”“私密空間”等模式。經過幾代的更新迭代，amigoOS 3.1已經是一套成熟、穩定并且非常實用的系統，它一定會成為你喜歡上金立S6的一個原因。
