魅族MX6搭載的是基于Android6深度定制的Flyme5版本系統，目前具體版本為Flyme5.2.2.0A，之所以版本號低于目前魅族其他產品線已經在測試的5.6，也是因為更換了更新的Android6.0內核所致。該版本應用依然是扁平化的風格，圖標以矩形或圓形為主，沒有明顯暗影，文件夾為半透明狀，整體給人感覺很清爽。
首先從界面風格上，用戶可以自行選擇喜歡的設計，魅族MX6當中提供了“主題美化”應用，在其中可以定制各種不同風格的主題，除了壁紙等等元素之外，甚至可以個人自定義更換主題字體，所以即便兩個人使用的都是魅族MX6，也可能會有非常明顯的不同，畢竟每個人的喜好千差萬別。
除了界面視覺效果，Flyme5為魅族MX6提供的操作優勢也非常明顯。魅族MX6的指紋識別按鍵同樣是輕按返回設計。另外在設置-輔助功能-手勢喚醒當中可以看到很多不同的模式，最為大家所熟悉的應該是雙擊點亮屏幕。結合雙擊熄屏，這樣的操作感的確極其舒爽。而向上滑解鎖、向下滑打開通知面板等更是能夠大大提升用戶操作魅族MX6時的使用效率。
此外其下面的更多自定義手勢喚醒功能同樣可以根據用戶需求而定，比如你可以將畫圖形C設定為打開相機，那么在息屏狀態下就可以直接通過在屏幕上滑出“C”狀手勢快速進入相機，有利于抓拍操作。
魅族MX6當中有一套比較全面的內容服務提供給用戶，包括新聞資訊、音視頻娛樂、讀書內容等等。新聞資訊方面，其“資訊”應用和第三方的《今日頭條》同時為用戶提供海量信息；音視頻方面，其“音樂”、“視頻”應用同時提供各種娛樂信息，其中分別具有各類在線信息源供用戶隨時獲取，能夠提供很大的便利。
視音頻娛樂圖書休閑
另外其讀書應用當中同樣原生內置了部分書籍免費提供給用戶閱讀，并且有條件的用戶也可以自行購買更多在線書籍，豐富自己的業余時間。
書架當中提供免費書籍
在日常使用方面，手機管家為魅族MX6提供了非常全方位的保障，基本當手機出現任何問題時都可以先想到手機管家解決。作為一款并非旗艦級別的機型，魅族MX6使用時間很長之后，難免可能遇到各種細節問題，比如應用等裝載過多拖延操作流暢度，此時就可以第一時間用其中的手機管家嘗試解決問題。此時手機加速、垃圾清理、手機瘦身等會起到很有效的作用。
手機管家功能豐富可提升日常使用體驗
或許使用更加頻繁的會是省電模式。魅族MX6當中內置低功耗模式、極限省電模式、自定義省電模式等，并且可以很直觀的查看目前的電量預估剩余使用時間，遇到特殊情況便可以選用其中的任何一種省電模式延長剩余電量的續航時長，為日常使用提供更長久的續航支持。
省電模式
